高新技术企业的管理需要进行专业化处理，财务管理也不例外。高新审计作为一种新兴审计方式，可以帮助高新企业进行财务管理和风险控制，提高企业的财务独立性和透明度。
高新审计主要应对高新技术企业的财务管理问题。因为高新技术企业需要面对国内外复杂的市场环境及强烈的竞争，其业务甚至涉及到政府规范和国际标准等多种方面。普通审计往往无法满足高新公司的需要，而高新审计主要针对科技领域和知识型企业，能够更好地发现财务问题并提出针对性建议。
高新审计在企业内部管理上起到了很大的作用，可以规范财务制度，发现内部控制存在的问题，使得企业的内部管理更加标准化，透明化和规范化，为企业的进一步发展做出了很大的贡献。
